Yayasan Reef Check Indonesia didirikan pada tahun 2005 di Bali. Yayasan Reef Check Indonesia memiliki lokasi kerja skala nasional di Indonesia. Visi dan Misi Yayasan Reef Check Indonesia yakni untuk berkontribusi dalam pengelolaan terumbu dan ekosistemnya demi kesejahteraan bersama dengan, untuk dan oleh masyarakat dengan skala lokal dan nasional. Yayasan Reef Check Indonesia memiliki tiga pilar yang menyokong visi tersebut pengelolaan kolaborasi, edukasi dan penyadaran, serta teknologi dan konservasi ilmiah